I “De mørke mænd”, fortsætter Niels Oxen, Danmarks mest dekorerede soldat, sin dystre rejse. Efter begivenhederne i “De hængte hunde“, lever Oxen nu under falsk identitet på et fjerntliggende dambrug i Jylland. Her kæmper han med eftervirkningerne af sine traumer og lever i konstant frygt for at blive opdaget. Hans hemmelighed er både hans livline og hans potentielle undergang.
Mørket tætner, da et brutalt mord på en museumsinspektør ved et slot sætter gang i en kædereaktion af dramatiske hændelser, som strækker sig helt til landets justitsminister. Kun få kan se forbindelsen til Oxen. En af dem er hans tidligere kollega Margrethe Franck fra Politiets Efterretningstjeneste. Efter længere tids søgen genfinder Franck Oxen, hvilket uforvarende forværrer hans situation.
Pludselig er Oxen hovedpersonen i en nådesløs menneskejagt. Han står over for et kritisk valg, hjulpet og jaget af både venner og fjender: Skal han bukke under eller kæmpe tilbage?
