“Protokollen” er en nervepirrende lydbog, der tager dig med ind i hjertet af en intens terrorbekæmpelse i København. Efter et ødelæggende bombeangreb på en luksuriøs restaurant, der kræver treogtyve menneskeliv, kastes PET’s kontraterrorismechef Nikolaj Storm ind i en desperat jagt for at finde de ansvarlige. Uden nogen at rette anklagen mod, står Storm over for sit livs udfordring.
I denne fortælling, hvor hvert sekund tæller, kæmper Storm med den tunge byrde af skyld og samvittighedskvaler for ikke at have forhindret tragedien. Hans spor fører til en mistænkt terrorcelle på Københavns vestegn. For at forstærke indsatsen henter han den kontroversielle vicekriminalkommissær Katrine Bergman ind i teamet. Bergman, kendt for sin høje opklaringsprocent men også sin suspension for vold, bliver en nøglefigur i opklaringsarbejdet.
Som efterforskningen skrider frem, afslører “Protokollen” et plot af langt større dimensioner end først antaget. Storm og Katrine står over for en magtfuld og skjult fjende, der allerede planlægger et nyt angreb. I et kapløb med tiden sætter de alt ind på at stoppe den næste katastrofe, hvilket fører til en intens menneskejagt gennem byens gader.